被子植物種系復(fù)雜，大陸飄移使得各大陸的被子植物更具特殊性，地球上的有花植物估計(jì)有25萬(wàn)種。一般都認(rèn)為被子植物盡管種系復(fù)雜，卻是一個(gè)統(tǒng)一的整體，有著共同的祖先，但具體到那一類(lèi)群的植物卻有不同的觀點(diǎn)。

多元論（多系起源）

以維蘭G.R.Wieland為代表，他認(rèn)為被子植物的祖先有好幾個(gè)來(lái)源，如種子蕨類(lèi)的蘇鐵蕨、開(kāi)通蕨（Caytonia）、本內(nèi)蘇鐵、銀杏、科得狄、松柏類(lèi)、蘇鐵；單子葉植物也有多個(gè)起源，其中棕櫚目是來(lái)自種子蕨的髓木類(lèi)，整個(gè)被子植物竟有20多個(gè)來(lái)源。

胡先骕（1950）也提出了被子植物多元起源的系統(tǒng)。雙子葉植物有12個(gè)來(lái)源，單子葉植物有3個(gè)來(lái)源。

米塞（Meeuse）是當(dāng)代主張被子植物多元起源的積極擁護(hù)者，認(rèn)為被子植物至少?gòu)乃膫€(gè)不同的祖先型發(fā)生。

在形態(tài)學(xué)、解剖學(xué)及胚胎學(xué)等方面，被子植物都具有高度的共同性，如胚囊萌發(fā)過(guò)程以及雙受精現(xiàn)象的普遍性，使人很難相信是多元起源的巧合。

二元論（雙系起源）

主張二元論的人認(rèn)為被子植物花的構(gòu)造，特別是從胚胎和珠被構(gòu)造著眼，來(lái)源于兩個(gè)不同的祖先，即現(xiàn)存的單被花類(lèi)包括具柔荑花序的類(lèi)群，從古石松的鱗種類(lèi)（Lepidospermales），到松柏類(lèi)，通過(guò)買(mǎi)麻藤類(lèi)發(fā)展而來(lái)，而多心皮類(lèi)則由真蕨通過(guò)蘇鐵發(fā)展出來(lái)。換句話(huà)說(shuō)，單被類(lèi)的心皮來(lái)源于軸性器官（軸生孢子），而多心皮類(lèi)的心皮來(lái)源于葉性器官。Lam和Engler是二元論的代表。

二元論曾經(jīng)統(tǒng)治了植物學(xué)界一段時(shí)間，但人們從染色體的研究，發(fā)現(xiàn)木蘭目和金縷梅目在染色體上具有相似性，兩者是有親緣關(guān)系的，認(rèn)為二元論是不可取的。

既然多元論與二元論都不可取，不少人主張被子植物是單元起源的，是從種子蕨發(fā)展而來(lái)的。

單元論（單系起源）

哈欽松、塔赫他間、克朗奎斯（Cronquist）都主張被子植物單元起源，其理由是：

（1） 被子植物除了較原始和特化的類(lèi)群，木質(zhì)部中均有導(dǎo)管、韌皮部都有篩管和伴胞。

（2） 雌雄蕊群在花軸上排列的位置固定不變。

（3） 花藥的結(jié)構(gòu)一致，由4個(gè)花粉囊組成，花粉囊具有纖維層和絨氈層。花粉萌發(fā)，產(chǎn)生花粉管和兩個(gè)精子。

（4） 雌蕊由子房、花柱、柱頭組成，雌配子體僅為八核的胚囊。

（5） 具有“雙受精”現(xiàn)象，三倍體的胚乳。

據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)家統(tǒng)計(jì)，全部具有上述特征的祖先不會(huì)多于一個(gè)。多數(shù)人主張被子植物是單系起源的。至于發(fā)生于哪一類(lèi)植物，不同的學(xué)者看法亦不同，藻類(lèi)、蕨類(lèi)、松柏類(lèi)、買(mǎi)麻藤、本內(nèi)蘇鐵、種子蕨、舌羊齒等都曾被作為被子植物的祖先。較多的人認(rèn)同本內(nèi)蘇鐵或種子蕨這兩個(gè)假說(shuō)。

塔赫他間、Cronquist認(rèn)為被子植物起源于古老的裸子植物，它們應(yīng)具有如下的特征：

a. 管胞具有梯狀穿孔。

b. 具有兩性、螺旋狀排列的孢子葉球，大孢子葉（心皮）和小孢子葉為葉狀的特征。

c. 胚珠多數(shù)，具分離的小孢子囊。

d. 葉隙多數(shù)。

據(jù)此，他們認(rèn)為木蘭目是現(xiàn)代被子植物的原始類(lèi)型。

木蘭目到底來(lái)自哪一群原始被子植物？有人認(rèn)為是本內(nèi)蘇鐵，但塔赫他間認(rèn)為本內(nèi)蘇鐵孢子葉球和木蘭目花的相似是表面的，木蘭目小孢子螺旋狀排列、分離，而本內(nèi)蘇鐵的小孢子葉為輪狀排列，且在近基部合生，小孢子囊合生成聚合囊；其次，本內(nèi)蘇鐵的大孢子葉退化為一個(gè)小軸，頂生一個(gè)直生胚珠，并且在這種軸狀大孢子葉之間還存在著種子間鱗，和木蘭目胚珠獲得保護(hù)組織的來(lái)源是不同的。另外本內(nèi)蘇鐵無(wú)接受花粉的柱頭，與被子植物不同，因而主認(rèn)為被子植物不可能起源于本內(nèi)蘇鐵。他提出被子植物起源于種子蕨。

種子蕨的代表開(kāi)通尼亞常被認(rèn)為是被子植物的祖先，有果實(shí)，但開(kāi)通尼亞花是單性的，花粉囊聯(lián)合，具有貯粉室，在貯粉室內(nèi)有花粉粒的存在，具有這種性質(zhì)仍然是裸子材植物。

被子植物從種子蕨演化而來(lái)，經(jīng)過(guò)幼態(tài)成熟，幼年期具有孢子葉的枝條成為孢子葉球，再進(jìn)而突變?yōu)樵急蛔又参锏幕?；幼態(tài)成熟使胚囊最初的游離核階段在八核時(shí)停止，發(fā)展出被子植物的胚囊。被子植物的各種形態(tài)都可以用幼態(tài)成熟來(lái)解釋?zhuān)钠な锹阕又参锎箧咦尤~幼態(tài)成熟的結(jié)果，掌狀葉脈是羽狀葉脈幼態(tài)成熟的結(jié)果，單子葉是雙子葉的幼態(tài)成熟的結(jié)果等等。

目前對(duì)于幼態(tài)成熟的理論還未得到證實(shí)。但它似乎解釋了古老植物化石中找不到令人滿(mǎn)意的原始被子植物的原因。

單元多系論

這是張宏達(dá)教授1986年提出來(lái)的，他打破了裸子植物和被子植物的界限，把包括化石植物在內(nèi)的10個(gè)亞門(mén)稱(chēng)為種子植物門(mén)。有花植物亞門(mén)是其中一個(gè)亞門(mén)。認(rèn)為現(xiàn)代的有花植物都不可能是最古老的，它們是從最古老的類(lèi)型通過(guò)多條途徑發(fā)展出來(lái)的，屬于第二階段、第三階段的產(chǎn)物。它的祖先只能是具有異型孢子及孢子葉的原始種子植物。流行系統(tǒng)學(xué)全部有花植物都是從木蘭目演化出來(lái)，這種單元單系的思想和有花植物的系統(tǒng)發(fā)育實(shí)際不相符的。現(xiàn)代生存的木蘭目、柔荑花序類(lèi)、水青樹(shù)目、昆欄樹(shù)目、睡蓮目、澤瀉目等都是由不同的原始祖先演化出來(lái)的，它們之間是不連續(xù)的，而且也不是最原始的，因此彼此之間缺乏直接的親緣關(guān)系。

以上關(guān)于被子植物起源的假說(shuō)主要以雙子葉植物為例說(shuō)明的。

單子葉植物的起源

關(guān)于單子葉植物的起源問(wèn)題，目前多數(shù)學(xué)者認(rèn)為雙子葉植物比單子葉植物更原始、更古老。單子葉植物是從已滅絕的最原始的草本雙子葉植物演變而來(lái)，是單元起源的一個(gè)分支。

Engler系統(tǒng)把單子葉植物安排在雙子葉植物前，裸子植物有多子葉，接在雙子葉植物之后。Engler依子葉的有無(wú)和多少安排他的分類(lèi)系統(tǒng)，最原始的是無(wú)子葉植物，單子葉植物比雙子植物原始。在他逝世后，Mechior將這一安排顛倒過(guò)來(lái)。

單子葉植物由雙子葉植物發(fā)展而來(lái)有幾種假設(shè)：

1． 水生莼菜類(lèi)起源說(shuō)——主要依據(jù)兩者的花粉均為單溝。

2． 陸生毛茛類(lèi)起源說(shuō)——由陸生毛茛類(lèi)——百合類(lèi)向不同方向演化出各類(lèi)群的單子葉植物。周俊在證明毛茛類(lèi)在生物堿甾體化合物、三萜類(lèi)脂肪酸、氫苷與百合類(lèi)相似，較多人贊同單子葉植物起源于雙子葉植物較為原始的類(lèi)型。